| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1710 | モリタ ウミ 森田 海 (2) | 福田 | 4:35.96 | |
| 2 | 3517 | カモガワ カズキ 鴨川 和生 (2) | 長崎大附属 | 4:36.99 | |
| 3 | 1411 | ノモ タクミ 野母 拓海 (2) | 土井首 | 4:37.03 | |
| 4 | 3518 | キヤ カイト 木谷 海仁 (2) | 長崎大附属 | 4:43.17 | |
| 5 | 2909 | アシヅカ ユキト 芦塚 優斗 (2) | 小江原 | 4:54.73 | |
| 6 | 1708 | ヒラモト リュウガ 平本 龍雅 (2) | 福田 | 4:57.90 | |
| 7 | 501 | バン ゴウスケ 伴 豪介 (2) | 長崎 | 4:58.40 | |
| 8 | 1412 | ハタ ユイト 畑 結智 (2) | 土井首 | 5:00.57 | |
| 9 | 110 | クボイ アイラ 窪井 逢良 (2) | 東長崎 | 5:01.76 | |
| 10 | 3208 | オガワ シュン 小川 舜 (2) | 小ヶ倉 | 5:07.31 | |
| 11 | 2704 | コダマ ルカ 小玉 琉翔 (2) | 三重 | 5:08.19 | |
| 12 | 2609 | アイカワ マナト 相川 真慧 (2) | 滑石 | 5:14.43 | |
| 13 | 4507 | タナカ ユウト 田中 勇登 (2) | 長崎東 | 5:15.69 | |
| 14 | 114 | モリ カナト 森 奏人 (2) | 東長崎 | 5:17.62 | |
| 15 | 2611 | ムラヤマ ユシン 村山 由心 (2) | 滑石 | 5:20.27 | |
| 16 | 2707 | マルウチ ユウア 丸内 湧愛 (2) | 三重 | 5:31.37 | |
| 17 | 3203 | タニヤマ ルウキ 谷山 琉絆 (2) | 小ヶ倉 | 5:32.26 | |
| 18 | 2104 | イシダ リヒト 石田 理人 (2) | 緑が丘 | 5:33.01 | |
| 19 | 2411 | アイザワ ツヨシ 相澤 剛 (2) | 山里 | 5:54.12 |