| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 3210 | ナカタ ミライ 中田 未來 (1) | 小ヶ倉 | 4:51.51 | |
| 2 | 3424 | ナガオ レオ 長尾 羚煌 (1) | 琴海 | 4:54.90 | |
| 3 | 3422 | イシカワ ヒロ 石川 比呂 (1) | 琴海 | 5:00.72 | |
| 4 | 3301 | オノウエ タイガ 尾上 碓臥 (1) | 三和 | 5:00.77 | |
| 5 | 4510 | シモカワ トモナリ 下川 知成 (1) | 長崎東 | 5:12.90 | |
| 6 | 2714 | カワバタ エイシン 川端 瑛心 (1) | 三重 | 5:18.56 | |
| 7 | 2620 | シモミ ヨウヤ 下見 燿靖 (1) | 滑石 | 5:18.75 | |
| 8 | 3521 | デグチ ジョウ 出口 丈 (1) | 長崎大附属 | 5:23.72 | |
| 9 | 119 | ハラ セイリュウ 原 成龍 (1) | 東長崎 | 5:30.62 | |
| 10 | 2709 | モリ ソウスケ 森 奏輔 (1) | 三重 | 5:30.75 | |
| 11 | 2917 | イソ リンタロウ 磯 凛太郎 (1) | 小江原 | 5:35.25 | |
| 12 | 2614 | テラオカ リュウセイ 寺岡 流生 (1) | 滑石 | 5:35.45 | |
| 13 | 2107 | ムラセ タクミ 村瀬 巧 (1) | 緑が丘 | 5:39.07 | |
| 14 | 504 | タン ケイシュン 譚 慶春 (1) | 長崎 | 5:41.82 | |
| 15 | 2113 | タニグチ リョウスケ 谷口 椋亮 (1) | 緑が丘 | 5:42.83 | |
| 16 | 3010 | ハマモト カズキ 濵本 和樹 (1) | 橘 | 5:42.88 | |
| 17 | 2206 | ワタナベ ソウタ 渡邉 壮太 (1) | 岩屋 | 5:43.68 | |
| 18 | 506 | タカハシ タケル 髙橋 丈瑠 (1) | 長崎 | 5:45.11 | |
| 19 | 124 | ナカオ シュンリ 中尾 駿里 (1) | 東長崎 | 5:46.55 |